政府管掌健康保険は政府が被保険者の保険を取り扱います。それに対し、組合管掌健康保険は健康保険組合が被保険者の保険を取り扱います。

健康保険組合は法人になります。そして、適用事業所の事業主、その適用事業所に使用される被保険者及び任意継続被保険者で組織されます。

健康保険組合では保険料率を自主的に決めることができます。そのため政府管掌健康保険の保険料率よりずっと低い保険料率を設定している組合もあれば政府管掌健康保険組合より高い保険料率の組合もあります。保険料率が低い組合では組合員の払う保険料が安くなるのでお得です。

また、健康保険組合では法律で決められた保険給付（法定給付）に加えて財政状況により独自の保険給付（附加給付）を行うことができます。