健康保険は事業所単位で適用されます。適用は事業主や従業員の意思によって決まるのではなく、加入の要件を満たせば強制加入です。

【強制加入】
常時５人以上の従業員が働いている会社⇒　適用されます
法人⇒　人数にかかわらず適用されます

【強制加入ではありません】
５人未満の個人事業所⇒　強制加入ではありません。
５人以上の個人事業所でも農業、漁業、一部のサービス業は強制加入ではありません。